Nếu như chùa Vĩnh Nghiêm (Trí Yên-Yên Dũng) là chốn tổ của thiền phái Trúc Lâm, thì Bổ Đà được xem như chốn tổ của thiền phái Lâm Tế-một dòng thiền có ảnh hưởng rộng rãi khắp mọi miền Tổ quốc.
Chùa Bổ Đà tọa lạc dưới chân Bổ Đà sơn, thuộc dãy Tiên Lát, một địa thế lý tưởng, sơn thuỷ giao hoà, nhìn sông dựa núi có tổng diện tích gần 5,2 ha, được chia thành ba khu vực chính: Khu Nội tự, khu Vườn tháp, khu Vườn chùa.
Kiến trúc chùa Bổ Đà có sự khác biệt so với các ngôi chùa truyền thống ở miền Bắc Việt Nam, đó là lối kiến trúc kiểu"nội thông ngoại bế" không cốt ở sự nguy nga, tráng lệ mà quan tâm tới sự liên hoàn, thoáng đạt hướng tới sự thanh tịnh của cảnh giới nhà Phật.
Trước đây, do đường xá đi lại khó khăn, giao thông bất tiện, sản vật nghèo nàn… nên dù là nơi thắng tích nhưng du khách thưa thớt chỉ có các Phật tử, cán bộ nghiên cứu, nghệ sỹ cùng thầy trò các trường nghệ thuật vì mến cảnh mến tình mà chăm đến vãng cảnh Bổ Đà. Ngày nay, do được sự quan tâm của Nhà nước về mọi mặt, Bổ Đà đã trở thành khu điểm đến hấp dẫn của du khách thập phương.
Đến Bổ Đà, du khách được sống trong một không gian văn hoá mang đậm bản sắc văn hoá truyền thống Việt Nam mà rất ít nơi còn lưu giữ được. Đó là, hệ thống 18 toà ngang dãy dọc với gần một trăm gian liên hoàn, xây cất bằng các loại chất liệu gạch ngói, tiểu sành, tường đất… Khu Nội tự tiềm ẩn triết lý sâu sắc của chốn thiền lâm là một nét độc đáo đã trở thành địa chỉ hấp dẫn được người đời ước vọng được đến chiêm ngưỡng. Xung quanh khu Nội tự là Vườn chùa. Vườn chùa gồm vườn cây cổ thụ tự nhiên nằm ở phía sau khu Nội tự và vườn cây ăn trái đại thụ hợp đủ các loài cây ăn quả đặc dụng xứ Bắc ở phía trước toà Tam bảo. Vườn chùa với hàng trăm cây đại thụ cành gốc sù sì càng làm cho cảnh quan nơi đây thêm mỹ lệ mà u tịch, thanh tĩnh phù hợp với chốn tùng lâm.
Vườn tháp chùa Bổ Đà nơi tàng lưu xá lị, tro cốt nhục thân của các tăng ni dòng thiền Lâm Tế nằm ở bên trái khu Nội tự và Vườn chùa. Đó là bãi đất nằm nghiêng theo độ cao của núi Bổ Đà có diện tích gần tám nghìn mét vuông. Bao quanh vườn tháp nhà chùa đã dùng đá núi, gạch chỉ và đất thó tạo nên bức trường thành để giữ gìn yên tĩnh giấc ngủ ngàn thu cho các những nhà tu hành đắc đạo. Khu nội viên trước kia cây lá um tùm, nhưng vì sợ rễ cây ưa đất đâm sâu, vươn dài ảnh hưởng đến các ngôi tháp cổ, cho nên gần đây nhà chùa đã chặt hạ chỉ để lại mênh mang những thảm cỏ xanh bản địa với những bụi sim mua hoang dại cho vườn chùa có thêm cảnh sắc thiên nhiên.
Nhiều du khách đến thăm vườn tháp chùa Bổ Đà không khỏi ngạc nhiên trước sự mênh mông rộng lớn của vườn tháp, nhất là số lượng các ngôi tháp ở đây quả xứng đáng được liệt danh vào cuốn sách ghi kỷ lục của nước nhà. Qua gần ba trăm năm hưng thịnh, và kể từ khi sư tổ có tên tục là Phạm Kim Hưng viên tịch đến nay, sơn môn Bổ Đà đã xây dựng tất cả 97 ngôi tháp, mộ lớn nhỏ. Trong vườn tháp ta thấy đa số là những ngôi tháp ba, bốn tầng với độ cao từ từ ba đến năm mét, riêng mấy ngôi tháp sư tổ thì đồ sộ cao rộng hơn nữa.
Tàng chứa trong 97 ngôi tháp, mộ là xá lị, tro, cốt nhục thân của 1214 nhà sư tu hành đắc đạo của dòng Lâm Tế khắp nơi trên cả nước từ gần ba thế kỷ nay. Đại Đức Thích Tục Vinh (nhà sư kế truyền y bát từ vị cao tăng là Hòa Thượng Thích Quảng Luân) hiện trụ trì chùa Bổ Đà cho biết không có một quy định nào về việc các nhà sư dòng Lâm Tế khi viên tịch thì đưa về an tàng cốt nhục ở đây, nhưng từ xưa nay nhà chùa luôn đáp ứng nguyện vọng các tăng ni muốn được quây quần an nghỉ chốn này, cho nên vườn tháp Bổ Đà cứ đông thêm mãi. Đặc biệt, có ngôi tháp an tàng tới 26 nhà sư.
Họ đều là anh em cùng sơn môn, cùng tu một thầy, quý mến nhau muốn khi được về nơi tịch diệt vẫn được nằm cạnh nhau nên thề hẹn được thế hệ sau cho cùng yên nghỉ. Cuộc đời trong kiếp luân hồi, “sinh gửi thác về” người trước kẻ sau...cho nên có ngôi tháp vẫn còn những ô chờ đợi người sau thác về với tổ.
Một điều độc đáo nữa mà du khách được chiêm bái ở vườn tháp chùa Bổ Đà, đó là trong vườn có cả tháp mộ sư tăng, sư ni (điều hiếm thấy ở các dòng phái khác). Nếu những ai quan tâm thì cũng dễ dàng phân biệt đâu là tháp mộ sư tăng, đâu là tháp mộ sư ni.
Tháp mộ sư tăng trên đỉnh tháp bao giờ cũng gắn bình cam lộ đặt trên tòa sen. Tháp sư ni thì khác, đỉnh tháp mộ lại được gắn một búp sen...Như thế, Phật tử có thể đến vãng cảnh vẫn biết được có bao nhiêu vị tăng, ni viên tịch và yên nghỉ ở chốn này.
Vườn tháp chùa Bổ Đà