Giám mục Puginier cố thuyết phục người Pháp rằng phương pháp thần hiệu nhất để bình định Bắc Kỳ là thuyết phục được tất cả người Bắc Kỳ theo Công Giáo. "Với sự tryền bá Phúc âm và Pháp ngữ, trong chưa đầy hai mươi năm ta có thể khiến cho Bắc Kỳ trở thành Pháp hoá và Cơ Đốc hoá mà không cần ép uổng một người nào''. Trong cuộc chinh phục, người Pháp đã trông cậy vào lực lượng hậu thuẫn của khối Công Giáo nhưng rốt cuộc họ phải than: "Họ chỉ giúp và đã giúp được bằng cách cung cấp người do thám và phiên dịch mà thôi''. Sự thực là vẫn có những người Công Giáo Việt Nam đứng đắn và có lòng yêu nước, không bao giờ chịu đi làm những công việc như vậy. Chính phong trào Cần vương chống Pháp đã phạm một lỗi lầm là đã xô một số người Công Giáo trong sạch vào thế đối lập. Đó là vào khoảng 1885. Quân đội viễn chinh Pháp từ Vịnh vào Đồng Hới bủa ra, bắn giết, tàn phá, tiêu huỷ các chùa chiền Phật giáo và tập trung người Công giáo về gần thành để mong mộ họ vào binh ngũ. Nhiều vị văn thần đã chủ trương đốt phá các nhà thờ để trả thù việc quân Pháp xúi dục một số người Công giáo đốt phá chùa chiền. Vì vậy nên nhiều người trong giới Công giáo phuẫn uất trở thành đối lập với phong trào kháng chiến. Đáng lý thì rất không nên trả thù như vậy.
Trong phong trào Cần Vương yêu nước chống Pháp kéo dài từ năm 1885 đến 1898, Nho giáo và Phật giáo là lực lượng yểm trợ căn bản. Tuy nhiên, trong giai đoạn đầu, chủ lực nằm tinh thần Nho giáo nhiều hơn. Đến lúc tinh thần Nho giáo trở nên mệt mỏi, "bởi vì Nho giáo suy đồi rất chóng dưới sự xâm chiếm của văn hoá Tây phương, nhất là vì sự bãi bỏ khoa cử cũ để áp dụng khoa cử mới'', thì tinh thần Phật giáo chở thành chủ yếu. Giới Tăng sĩ liên kết với các lực lượng yêu nước, tiếp tục cuộc tranh đấu kháng Pháp. Năm 1898 chẳng hạn, toàn quốc rúng động về cuộc khởi nghĩa của Võ Trứ ở Phú Yên. Người Pháp và triều đình Huế gọi cuộc khởi nghĩa đó là "giặc thầy chùa''. Võ Trứ là một vị tăng sĩ Phật giáo, đệ tử của một vị thiền sư mà người ta
chỉ biết gọi là thầy Đá Bạc, vì vị này tu ở Thạch Động trên núi Bà Chằn, làng
Chánh Danh. Thầy Đá Bạc là một vị danh tăng có tài y học đã chữa cho rất nhiều người lành bệnh khiến cho khách thập phương đến tìm tấp nập. Hành tung của thầy Đá Bạc thì không mấy ai hiểu được. Chỉ biết về sau có lệnh mật thám về bắt thầy, và những người quen thuộc mà thầy hay lui tới cũng bị liên luỵ, xét hỏi lung tung. Võ Trứ, đệ tử của thầy Đá Bạc, là một vị tăng nhưng cũng là một nhà cách mạng. Cuộc khởi nghĩa chuẩn bị từ năm 1898, có sự tham dự của Nho sĩ Trần Cao Vân và rất đông tăng sĩ. Cuộc khởi nghĩa được rất đông đồng bào hưởng ứng, nhưng vì bí mật bị tiết lộ nên đã bị thất bại. Tất cả các chùa chiền bị lục soát bắt bớ, và Tăng sĩ bị bắt vô số kể. " Trong hai tỉnh Bình Định và Phú Yên, khám đường nào cũng có mặt các thầy chùa.'' (Hành Sơn,"Cụ Trần Cao Vân", Minh Tân, Paris, 1952).
Ở miền Bắc, ta nên kể đến trường hợp Tăng sĩ Vương Quốc Chính, trụ trì chùa Ngọc Long Động ở Chương Mỹ, gần Hà Nội. Nghĩa đảng của Vương Quốc Chính hoạt động dưới hình thức hội "Thượng Chí''. Hệ thống tổ chức lấy căn cứ ở các ngôi chùa từ Nghệ An (Trung Việt) ra tới Bắc Ninh (Bắc Việt), gây ý thức một cách rộng rãi trong quần chúng Phật tử. Các Tăng sĩ tham dự rất đông và hoạt động cho phong trào rất hữu hiệu. Họ dùng hình thái thuyết pháp và dạy học để gây ý thức cách mạng chống Pháp. Điều đáng chú ý là nghĩa đảng hoạt động cả trong môi trường Công Giáo và thu phục được rất nhiều người Công giáo yêu nước.
Cuộc tấn công Hà Nội vào đêm 5-12-1898 tiếc thay đã bị tiết lộ và toàn quyền P. Doumer đã kịp thời ra lệnh đề phòng. Hiệu lệnh không thực hiện được, cuộc tấn công không ăn nhịp với nhau, rời rạc và bị đẩy lùi. Ở các nơi khác như Hà Đông, Sơn Tây, nghĩa quân không biết điều đó, cũng nổi lên, và cũng bị đàn áp kịch liệt. Phong trào tan rã. Và vô số người bị tù đày, xử tử.
Ở miền Nam cũng có những cuộc vận động tương tự. Quần chúng Việt Nam ở hương thôn thường giàu tín ngưỡng và do đó những tổ chức cách mạng chống Pháp thường được dựa trên những tín ngưỡng đó. Rất nhiều tổ chức bí mật kháng Pháp được tìm thấy ở miền Nam: Tổ chức Nghĩa Hoà, tổ chức Thiên Địa Hội, tổ chức Lương Hữu Hội, tổ chức Nhơn Hoà Đường, .v.v... Sự kết hợp sở dĩ được chặt chẽ và bền vững là nhờ ở yếu tố tín ngưỡng, mà Phật giáo là mẫu số chung. Chính tín ngưỡng của đạo Cao Đài và Hoà Hảo, hai tổ chức đáng kể có quân đội và có cao vọng tranh đấu cho độc lập quốc gia cũng lấy tín ngưỡng Phật giáo làm mẫu số. Trong các tổ chức như thế, nghi lễ điểm đạo, sự phù đồng, cầu cơ bùa chú là những yếu tố tín ngưỡng bình dân rất quan trọng cho việc tổ chức. Các cuộc hội họp được tổ chức ban đêm, trong các chùa chiền và với sự tham dự của các Tăng sĩ. Đọc cuốn Les Societes secretes en terred Annam của Georges Colet ta có thể thấy được một ít bản chất của các tổ chức cách mạng bí mật ấy. Colet đã viết: "Nếu người ta nhớ rằng các tôn giáo cổ truyền ở Việt Nam có thể khác nhau ở nghi lễ nhưng lại giống nhau ở lý tưởng tinh thần mà các tôn giáo ấy dạy cho tín đồ thì người ta sẽ thấy được sức đoàn kết chặt chẽ và vô song của các tôn giáo với các tổ cách mạng bí mật.
Các vị Tăng sĩ tham dự hay lãnh đạo các tổ chức kháng Pháp thỉnh thoảng lại bị bắt giam và khai thác. Năm 1916 chẳng hạn, mật thám Pháp đã bắt Tăng sĩ Nguyễn Văn Xử chùa Rạch Tre, Vĩnh Long. Khi bị bắt, Tăng sĩ này khai rằng các bổn đạo cho tiền là để "trả nợ'' và để "cho tình nhân'' chứ không phải là để cho đề thám như người ta tố cáo. Nhưng mật thám biết chắc rằng vị Tăng kia làm cách mạng, vì cùng với ông, còn có 43 người khác bị bắt và kết án. Trong số những người bị bắt ấy, chưa có ai có tiền án, và có những người là nhân sĩ tai mắt trong vùng. Một vị Tăng sĩ khác ở núi Cấm, tên là Cao Văn Long, tức Bảy Đỏ, khi bị bắt, đã khai là đi hành đạo cho bùa, nhưng bị mật thám kết tội là đi liên lạc giữa các tổ chức cách mạng. Ở Rạch Giá, một tổ chức cách mạng bị mật thám khám phá ở chùa Tam Bảo. Hoà thượng Đồng (Thiền sư Thích Trí Thiền) cùng với các Tăng sĩ và vô số những người liên hệ bị bắt bớ và tra tấn. Hội Rạch Giá Phật học Tương Tế và tờ báo Phật học "Tiến Hoá'' bị tan rã. Hoà Thượng Đồng sau đó bị tù đày và chết ở Côn đảo. Những trường hợp như thế không thể kể xiết được.
Người Pháp từ lúc đầu đã ủng hộ giới Công giáo và đặt lòng tin nhiều nơi giới Công giáo. Sau khi những biến cố sảy ra, chứng minh rằng truyền thống Phật giáo và Nho giáo Việt Nam vẫn kiên kết với cách mạng để chống Pháp, người Pháp càng có căn bản và duyên cớ để chỉ đặt lòng tin nơi giới Công giáo mà thôi và đem lòng nghi kỵ các giới Phật giáo và Nho giáo. Chính điều đó đã làm phát sinh ý niêm về kỳ thị tôn giáo một ý niêm không thể tách rời mặc cảm mất nước của người dân Việt Nam dưới thời Pháp thuộc.
Trích Hoa Sen Trong Biển Lửa của Thiền sư Thích Nhất Hạnh